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生物肥料出产企业发展太快、太多，但大多是幼企业。它们是车间式出产，设备技术落后，员工素质低。因而，生物肥料产品质量参差不齐，产品成分不科学。
其种类繁多，但大多仍是传统的固氮、解磷、解钾细菌。其中一些甚至使用酵母，不足新的和有效的产品。菌株的靶效不不变，配方不合理，抗性差。
它自身的基础钻研和利用钻研还不够，钻研人员相对不及。其作用机理尚不明显，对泥土和作物的影响有待进一步钻研�；∽暄醒铣林秃笥谙质党霾�，生物肥料推广未能遵循试验、示范、推广的法式。
不足要的市场监督治理前提，少数企业在宣传中夸大使用成效，使用不当的治理伎俩，甚至出产假冒伪劣产品，给农夫造成损失。治理不够规范。很多未注册的企业或产品，甚至假冒伪劣产品，仍在大力宣传、出产、销售，夸大生物肥料的作用。
